Scott Caan (Hawaii Five-0) en Dania Ramirez (The Sopranos) spelen de hoofdrollen als Jason Grant en Nikki Batista, die namens de politie van Philadelphia vermiste personen opsporen. In de première van het tweede seizoen raakt een bus vol studenten vermist tijdens een schooluitje. Alert: Missing Persons Unit werd bedacht door John Eisendrath (The Blacklist) en Jamie Foxx (Day Shift).
Bus 447
Terwijl de MPU haar nieuwe kantoor betrekt, inclusief de nieuwe baas, inspecteur Hollis Braun, komt er een telefoontje binnen waarin melding wordt gemaakt van de verdwijning van een hele stadsbus vol studenten die op excursie waren. Het team maakt gebruik van een vader die de ontvoering probeerde te stoppen, terwijl Jason contact opneemt met een oude collega voor hulp bij de zoektocht.
Benjamin Franklin
De MPU zoekt naar een Benjamin Franklin-liefhebber nadat hij verdacht verdwijnt tijdens een van zijn rondleidingen door de stad. Ondertussen wordt een nieuwe forensisch wetenschapper aangenomen en probeert het team haar overijverige werkstijl onder controle te krijgen. Jason en Mike proberen een band te krijgen als nieuwe partners.
Gemma & Isabel
Een jonge zwangere vrouw wordt een dag voor haar spoedkeizersnede vermist en de adoptiemoeder wendt zich tot de MPU om haar te lokaliseren voordat het leven van de baby in gevaar komt. Ondertussen graaft Jason dieper in de autobomzaak en ontmoet hij een afkeurende Braun.
Maya
De MPU zoekt naar een dakloze vrouwelijke tiener die verdween nadat ze van huis was weggelopen en in Philly's Gayborhood had gewoond. Kemi wordt bijzonder zwaar getroffen terwijl het team zich haast om de vermiste tiener te vinden en te redden. Jason en Nikki sparren over zijn voortdurende onderzoek naar de autobomaanslag.
Ms. Patty
De MPU gaat op zoek naar een ontvoerde, keiharde buurtwachtkapitein. Jason roept Wayne's hulp in bij het onderzoeken van de autobomaanslag. Mike is bezorgd dat Nikki geheimen voor hem heeft.
Jedidiah & Lucy
Mike wordt meegenomen naar zijn eerste onopgeloste zaak wanneer zeven jaar na zijn moord de stoffelijke resten van een Amish-man aan de oppervlakte komen. Nadat hij opnieuw contact heeft gemaakt met de familie van de man, wordt de vrouw van de man op mysterieuze wijze vermist, wat aanleiding geeft tot een grootschalige zoektocht en een web van bedrog blootlegt.
@Kyra
Een populaire reisbeïnvloeder wordt vermist en de MPU race om haar te vinden terwijl een orkaan woedt en de noodtoestand wordt uitgeroepen. Mike en Wayne komen dichter bij elkaar als Helen onverwacht contact maakt met iemand in de nasleep van Nikki's vrijgezellenfeest.
Alexi
De MPU is op de zaak wanneer een jonge hockeyspeler vermist raakt tijdens een gevecht met een tegenstander op het ijs. Kemi wordt onverwacht herenigd met een gezicht uit het verleden; Nikki bemoeit zich met Braun wanneer Jason dieper in de moorden op autobombardementen duikt.
Paul Miller
De MPU is bezig met de zaak wanneer een jonge jongen beweert dat zijn vader door buitenaardse wezens is ontvoerd terwijl ze naar de sterren keken op een afgelegen camping. Jason en Nikki roepen de hulp van Mike in om toegang te krijgen tot de computerbestanden van Braun. Kemi en Helen werken samen en gaan het veld in.
Federal Prisoner #07198F-068P
Wanneer Wayne vermist wordt op de dag van de bruiloft van Nikki en Mike, worden de vreugdevolle festiviteiten opgeschort terwijl Jason en de MPU zich haasten om haar te lokaliseren en uiteindelijk inspecteur Braun en zijn connectie met de autobombardementen op te pakken.
