Seizoen 3 van NCIS: Hawai'i is het laatste en tevens kortste seizoen van de serie, bestaande uit 10 afleveringen.
Run and Gun
Nadat Tennant haar medische en psychologische evaluaties heeft doorstaan, is ze verrast om te zien dat Sam haar laatste sollicitatiegesprek voert om haar terugkeer naar het werk te regelen. Wanneer het team een lek ontdekt in de database van de US Marshal, gaat Sam samen met Tennant naar Las Vegas om de hacker te lokaliseren.
Crash and Burn
Na de crash van een transportvliegtuig voor gevangenen moet het team de veroordeelden vinden die naar het eiland zijn ontsnapt; Sam Hanna en Tennant hebben de taak een spraakmakende Russische gevangene te lokaliseren.
License to Thrill
Na een brutale overval overdag op een Navy Federal Credit Union spoort het NCIS-team een groep adrenaline-zoekende dieven op. Ondertussen begint Tennant de redenen van Sam Hanna om op Hawaï te zijn te wantrouwen.
Dead on Arrival
Wanneer een marinepiloot vermoord wordt aangetroffen in een plaatselijk militair resort, gaat het team undercover om een criminele onderneming te ontdekken die zich in het volle zicht verbergt.
Serve and Protect
NCIS heeft de taak om de dochter van een Russische oligarch te beschermen die een dodelijk geheim met zich meedraagt. Ondertussen vraagt Sam Tennant om een gunst.
Operation Red Rabbit
Wanneer de verloofde van een verdwenen marineofficier de hulp van NCIS inroept, onthult het team dat zijn geheimen veel dieper gaan dan ze vermoedde. Ondertussen rekruteert Sam Kai als zijn wingman.
The Next Thousand
Wanneer een marinier wordt vermoord tijdens een training op het Big Island, volgt het NCIS-team de verdachte diep in het bos en ontdekt een verontrustend geheim.
Into Thin Air
Nadat de vrouw van een marinier is ontvoerd voor losgeld, ontdekt het NCIS-team duistere geheimen terwijl ze zich haasten om haar ontvoerder op te sporen voordat het te laat is. Ondertussen zoekt Sam de expertise van Ernie in bij het ontsleutelen van een computerprogramma dat dodelijke gevolgen kan hebben.
Spill the Tea (1)
Wanneer een hoogwaardige biowapenexpert wordt vermoord in een beveiligde faciliteit op Hawaï, bundelen NCIS en het NCIS Elite-team hun krachten om de moordenaar op te sporen en een nog dodelijkere dreiging te ontdekken.
Divided We Conquer (2)
Na een verwoestende hinderlaag met een dodelijk biowapen moet het NCIS-team een mysterieuze terroristische groepering opsporen voordat ze opnieuw kunnen toeslaan.
